诸葛亮选择刘备的深层原因主要有以下几方面：
1. 政治理念契合：
兴复汉室的理想：诸葛亮深受儒家思想影响，忠诚于汉室，视维护汉朝江山为己任。刘备作为汉室宗亲，虽已落魄，但始终怀揣恢复汉室之志，这与诸葛亮的政治理念高度契合，使得诸葛亮相信跟随刘备能够实现自己兴复汉室的政治理想。
仁德的政治主张：诸葛亮推崇仁德之政，主张君主以民为本、关心民生。刘备以仁德闻名，对待百姓宽厚仁慈，赢得了民心。两人在政治理念上的一致性，让诸葛亮认定刘备是能够践行其政治主张的明主。
2. 刘备的个人品质：
人格魅力：刘备为人宽厚、礼贤下士，善于用人，能够充分发挥部下的才能，这使他吸引了一大批人才聚集在身边。这种人格魅力对诸葛亮有很强的吸引力，让他相信刘备能够团结众人，成就大业。
坚韧不拔的精神：刘备虽出身低微，且在创业过程中屡遭挫折，但始终没有放弃自己的理想和信念，有着坚韧不拔的毅力和勇往直前的精神。这种品质在三国时期动荡不安的政治环境中尤为可贵，也让诸葛亮对他刮目相看。
3. 发展潜力与机遇：
潜力巨大：在当时的三国格局中，曹操势力强大，孙权盘踞江东，而刘备虽势力薄弱，但诸葛亮看到了刘备身上的潜力。刘备拥有广泛的人脉和深厚的人民基础，具备发展壮大的可能性，若能善加谋划，有机会在乱世中崛起。
施展才华的空间：刘备身边缺乏顶级谋士，诸葛亮加入后能够迅速获得重用，拥有充分施展自己才华的空间。相比之下，曹操阵营人才济济，诸葛亮可能难以脱颖而出；孙权集团也已经有了周瑜、鲁肃等谋士，竞争较为激烈。
4. 个人情感与信任：
三顾茅庐的诚意：刘备三顾茅庐，显示出对诸葛亮的极大重视和诚挚邀请，这种礼贤下士的行为让诸葛亮深受感动。在与刘备的交流中，诸葛亮感受到了刘备的人品魅力和政治抱负，两人建立了深厚的情感纽带和精神上的认同感。
相互的信任与尊重：刘备对诸葛亮的智谋和才能非常赞赏，将他视为自己的左膀右臂，给予了充分的信任和支持。这种信任和尊重使得诸葛亮能够放心地为刘备出谋划策，实现自己的政治抱负。
5. 家族利益考量：
在那个兵荒马乱的年代，一个人的选择往往关系到整个家族的兴衰荣辱。诸葛亮的哥哥诸葛瑾在孙权手下效力，弟弟诸葛均在曹操手下任职，而诸葛亮选择辅佐刘备，使得诸葛家族在魏、蜀、吴三个阵营都有了布局，无论最终哪一方获胜，都能保障家族的安全和未来的发展。